La primera piedra de esta iglesia dedicada a la Virgen de Fátima fue colocada el 13 de septiembre de 1952, por el alcalde Nicolás Canto Carrillo. Antes, el 4 de septiembre, el albañil Juan May abrió los cimientos, donde seis días después encontraría una especie de sarteneja que luego se convirtiría en un "pozo milagroso".

En su libro "Historia Gráfica de Calkiní", Manuel Herrera Pech menciona la existencia de un documento que se colocó debajo de una piedra, cerca del altar. Escribo, al pie de la letra, lo que Herrera Pech citó en las páginas 135 y 136 de su obra: "Para la Historia de Calkiní y para conocimientos de las personas que un día descubriesen este interesante documento, asentamos lo siguiente: El día 17 de julio de 1951 por gestiones del Sr. Cura Gonzalo Balmes Noceda, siendo Obispo de Campeche: El Excelentísimo Sr. Alberto Mendoza y Bedolla, visitó esta ciudad la virgen de Fátima, quien inspiró la idea, de tener una imagen de la misma y dedicarle un templo, la idea en cumplimiento con la llegada de la deseada imagen, el día 5 de Mayo de 1952, fué colocada la primera piedra de su templo, el día 13 de septiembre en el mismo año, siendo autoridades municipales: Presidente: Nicolás Canto Carrillo, Siendo Diputado: Pastor Rodríguez Estrada, Manuel López Hernández, Gobernador del Estado. El párroco Gonzalo Balmes Noceda."